BioTriangle

v1.0.0 BY-NC-SA 4.0

BioTriangle是一个用于表征各种复杂的生物分子和相互作用样品的工具包，可以计算九种类型的特征：化学描述符或分子指纹、来自氨基酸序列的蛋白质和多肽的物理化学特征，来自其初级序列的DNA/RNA的组成和物理化学特征，化学-化学相互作用特征、化学-蛋白质相互作用特征、化学-DNA/RNA相互作用特征、蛋白质-蛋白质相互作用特征、 蛋白质-DNA/RNA相互作用特征，以及DNA/RNA-DNA/RNA相互作用特征。

技术栈
Python 2.7 PyTorch Django 1.5
访问
核心功能
  • • BioChem 计算化学分子描述符和指纹图谱
  • • BioProt 计算蛋白质特征
  • • BioDNA 计算DNA/RNA 特征
  • • BioCCI 计算化学物质相互作用特征
  • • BioPPI 计算计算蛋白质-蛋白质相互作用特征
  • • BioDDI 计算DNA-DNA/RNA-RNA/DNA-RNA相互作用特征
  • • BioCPI 计算化学-蛋白质相互作用特征
  • • BioCDI 计算化学-DNA/RNA 相互作用特征
  • • BioDPI 计算 DNR/RNA-蛋白质相互作用特征
论文引用
  • IF 7.1
    BioTriangle: a web-accessible platform for generating various molecular representations for chemicals, proteins, DNAs/RNAs and their interactions
    Jie Dong, Zhi-Jiang Yao, Ming Wen, Min-Feng Zhu, Ning-Ning Wang, Hong-Yu Miao, Ai-Ping Lu, Wen-Bin Zeng, Dong-Sheng Cao | Journal of Cheminformatics, 2016
    doi.org/10.1186/s13321-016-0146-2