PyBioMed

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PyBioMed 是一个用于表征各种复杂的生物分子和相互作用关系对，例如化学物质、蛋白质、DNA 及其相互作用的 python 包。

技术栈
Python 2.7，Python3.7
访问
核心功能
  • • 用于预处理分子、蛋白质序列和 DNA 序列的工具
  • • 从分子结构中计算化学描述符或分子指纹图
  • • 根据氨基酸序列计算蛋白质和肽的结构和物理化学特征
  • • 根据 DNA 的一级序列计算 DNA 的组成和理化特征
  • • 计算相互作用特征，包括化学-化学相互作用特征、化学-蛋白质相互作用特征、化学-DNA 相互作用特征、蛋白质-蛋白质相互作用特征、蛋白质-DNA 相互作用特征和 DNA-DNA 相互作用特征
  • • 通过分子 ID、蛋白质 ID 和 DNA ID 从互联网上获取分子结构、蛋白质序列和 DNA 序列
论文引用
  • IF 7.1
    PyBioMed: a python library for various molecular representations of chemicals, proteins and DNAs and their interactions
    Jie Dong , Zhi-Jiang Yao, Lin Zhang, Feijun Luo, Qinlu Lin, Ai-Ping Lu, Alex F Chen, Dong-Sheng Cao | Journal of Cheminformatics, 2018
    doi.org/10.1186/s13321-018-0270-2